Obito en el Equipo Minato
Obito nació dentro del Clan Uchiha, el día en que iba a convertirse en un estudiante de la Academia Ninja de Konoha, Obito llegó tarde a la ceremonia de apertura. Aunque la mayor parte de su clase de futuro, incluyendo Kakashi Hatake, no prestó atención a él, Rin inmediatamente le ofreció su amistad al entregarle un paquete con los documentos de orientación. Cuando Obito finalmente se graduó a la edad de 9 años, fue puesto en un equipo con Rin y Kakashi bajo la tutela de Minato Namikaze. El equipo más tarde tomó parte en los Exámenes Chūnin, donde Obito fue eliminado en la tercera ronda por Gai. Kakashi, al derrotar a Gai, a su vez, fue capaz de avanzar al rango de Chunin. Al ver lo emocionado que estaba Rin por la promoción de Kakashi, Obito comenzó a entrenar, eventualmente avanzar a sí mismo a Chūnin a la edad de 11 años.
Obito activa su Sharingan
Durante la Tercera Gran Guerra Mundial Shinobi, se les asignó una misión en la cual deberían destruír el puente enemigo (Puente Kannabi), en dicha misión Rin, compañera de Obito y Kakashi, fue secuestrada y Obito sin dudarlo fue a su rescate, no sin antes discutir con Kakashi sobre rescatarla o seguir con la misión y lo deja impactado diciendo "El Colmillo Blanco de Konoha fue un verdadero héroe" y," en el mundo ninja aquellos que rompen las reglas son escoria, pero aquellos que abandonan a un amigo son peor que escoria"(estas palabras las recuerda kakashi en el primer entrenamiento con el equipo 7). Después de esta discusión, que dejó a Kakashi impactado, fue al rescate de Rin apoyado por Kakashi, enfrentándose a un primer enemigo, Taiseki , cuya habilidad especial era el camuflaje. Al verse en desventaja, se asusta, pero Kakashi lo motiva y se despierta el esperado Sharingan con el que lograron derrotar al primer enemigo.
Obito "muriendo" tras ser aplastado por una roca
De vuelta junto a Rin, se enfrentan a un segundo enemigo que al final de la batalla utiliza una técnica doton para destruir la cueva donde estaban, Obito al ver en peligro a Kakashi se avienta sobre él y lo salva dando su vida justo cuando una de las partes de la cueva empezaba a caér, quedando la mitad de su cuerpo aplastada. Después de esto le dice a Kakashi que como no le dio regalo cuando el se convirtió en un Jounin, le obsequia su ojo con el Sharingan activado ya que estaba muriendo, Rin le implanta el ojo a Kakashi quien derrota con una gran ira al asesino de Obito; Kakashi esta apunto de enfrentarse a un gran número de enemigos cuando queda inconsciente, tiempo después se da cuenta de que su Sensei, Minato, los había salvado y ya sabía lo acontecido con Obito, el cual viviría en el sharingan de Kakashi por siempre.
El Encuento de un Viejo Madara y Obito
A pesar de esto, Obito no falleció en aquel momento, en vez de esto un ya viejo Madara Uchiha, lo encuentra en la entrada a su guarida y comienza a curarlo, Obito aparentemente sufrió la perdida total del lado derecho de su cuerpo, por lo que Madara se vio en la necesidad de injertarlo con piezas del Árbol de Genes de Hashirama, la mayor parte de su cuerpo, cuando por fin despertó, pensó estar muerto pero el antiguo Líder Uchiha le dijo que ahora esta entre este mundo y el otro y le dijo que a cambio de salvarlo le debía un par de favores, Obito quería a toda costa volver a su hogar y Madara le dijo que ninguno de los dos con estos cuerpos se iría de ese lugar, a menos que si quería morir y que si eso pasaba se quedaria con su ojo, Obito jura en ese momento volver a Konoha.
Después de mucho tiempo Obito comenzó a rehabilitarse, bajo la guardia del Zetsu Blanco y un Zetsu con diseño de Remolino; Obito fue adaptándose a su nuevo cuerpo y gracias a este no necesitaba satisfacer necesidades humanas corporales. Un día el Zetsu Blanco advirtió a Obito de una emergencia en la que Kakashi y Rin, estaban siendo atacados por ninjas de Kirigakure. Obito decide ir a salvar a sus amigos y trató de romper la roca que bloqueaba la salida de la guarida, pero el golpe destruyó su brazo artificial. Al ver lo desesperado que estaba Obito, el Zetsu "Remolino" se une a él para proteger su cuerpo, e ir a ayudar a sus amigos.
Obito asesina a todos los ANBUs de Kirigakure
Cuando estaba a punto de partir, Obito, es detenido por Madara, quien le pregunta hacia donde va, y Obito, le agradece por haberlo salvado y parte, sin embargo, Madara, sabe que el volverá. Durante el camino, Obito recuerda la promesa hecha por Kakashi y sigue con su camino, allí, el Zetsu Remolino, le propone luchar por él, debido a que el uchiha estaba débil, pero Obito, argumenta con palabras dichas por Madara, cuando los dos sharingan están juntos funcionan mucho mejor y dice que Kakashi tiene su otro ojo. Poco antes de llegar a la batalla tiene una visión extraña sobre Rin, pero este, la ignora y finalmente llega con sus amigos, pero, este ve como Kakashi atraviesa a Rin, allí, estalla de ira, dispuesto a pelear con Kakashi. Obito al ver morir a su compañera, despierta junto con Kakashi su Mangekyo Sharingan arremetiendo contra los shinobis de Kirigakure que se encontraban en el lugar, los shinobis tratan de golpearlo pero todos sus ataques pasan a traves de este, matando a varios ninjas. Cuando estos tratan de llevarse el cuerpo muerto de Rin este los ataca con Elemento Madera: Jutsu Corte de Rama asesinándolos a todos, para luego asegurar que se encontraba en el "infierno".
Haciendo su camino hacia el cuerpo sin vida de Rin, Obito pasa a través de Kakashi indiscriminadamente. Obito fue finalmente capaz de acunar su cuerpo sin vida. La muerte de Rin due un hecho que traumatizo a Obito y destrozó su resolución. Obito finalmente llegó a la conclusión de que los ideales de Madara eran absolutos con la idea de que una realidad sin Rin es una que no sirve para nada y debe ser destruida, diciendo que iba a crear una nueva realidad con él, Rin y Kakashi para estar juntos otra vez, a pesar de que este último haya matado a Rin.
Obito y Zetsu comienzan el Plan Ojo de Luna
Volviendo a Madara, poco después, Obito unió sus fuerzas con el viejo Uchiha para ayudarle en su Plan Ojo de Luna, con el fin de crear un mundo en el que Rin estaba viva. Madara aceptó la oferta de Obito y transmite sus conocimiento de la historia del Sabio de los Seis Caminos y suya, su planes, entrenado a Obito en diversas técnicas con el fin de controlar a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior. Para ayudarle, Madara implantado una porción de su voluntad en el Zetsu Blanco que condujo a la creación de "Zetsu Negro", así como en el clon viviente Hashirama antes de morir, esperando el día que Nagato lo reviviera. Obito dejo de lado su nombre para tomar el de Madara después de encontrarse a Nagato junto con Zetsu.
Obito y Zetsu viajó a Amegakure para cumplir con los Huérfanos de la Lluvia, que eran escépticos al reclamo de Obito que era Madara y su plan para hacer un mundo donde gana todo el mundo, a pesar de que Nagato quería saber acerca de sus poderes. Yahiko contradijo a Obito y le dijo que se quedara lejos de ellos. Obito, sin embargo, afirmó que volvería a ese lugar todos los días a la misma hora hasta que Nagato viniese y vino a él voluntariamente. Finalmente, después de la muerte de Yahiko, Nagato se convertiría en Pain y se unió a Obito, este principio de la encarnación actual de Akatsuki.
Hasta los acontecimientos de la Parte II, Obito a operado en secreto sólo, con el nombre de Madara. En algun momento viajó a Kirigakure en donde controló a Yagura convirtiéndose en el Mizukage en las sombras (algo que sólo conocía Kisame). Ademas mantuvo durante sus reuniones privadas con Nagato, ser "Madara" volviéndose el Lider enmascarado de Akatsuki. Poco después de que Nagato se hizo cargo del liderazgo de la organización, Obito crea la identidad del enmascarado ninja "Tobi" para supervisar el Akatsuki desde las sombras como un miembro del grupo.
Obito secuestra a Naruto.
Doce años antes del inicio de la serie y después del final de la Tercera Gran Guerra Mundial Shinobi, la jinchūriki del Kyubi, Kushina Uzumaki, estaba a punto de dar a luz, lo que debilita el sello que contiene al Kyubi. Tobi mató a los guardias ANBU y, después de que Naruto nació, él mató a Biwako Sarutobi y Taji, y secuestro a Naruto. El padre de Naruto, Minato Namikaze, tomó a Naruto de nuevo, pero Tobi escapa con Kushina. Como el sello estaba a punto de romperse y en consecuencia el Kyubi sale del cuerpo de la Jinchūriki al ser extraído por el Uchiha. Tobi usó su Sharingan para poner al Kyubi bajo su control y comenzar de este modo su ataque sobre la aldea. Kushina sobrevive a la extracción, Tobi intenta hacer que el Kyūbi la aplaste, pero Minato la salvó y huyó.
Obito luchando Contra Minato.
Tobi lleva al Kyūbi a Konoha para destruirla. Minato llegó y fue capaz de contener al Kyūbi, pero Tobi se enfrenta a Minato para detener su intromisión. Tobi rápidamente es forzado por Minato a usar su ninjutsu de tiempo-espacio. Sin embargo, Minato fue capaz de deducir el secreto detrás de la técnica y someter a Tobi con una oportuna teletransportación y lo remata con un Rasengan. Minato luego libera al Kyūbi del control de Tobi, herido y privado de su mejor arma (puesto que Minato puso un sello en Tobi que le impediría hacerse con el control del Kyūbi), optó por huir, diciendo que el Kyūbi estaría a su control de nuevo algún día. Para enfatizar esto, él dijo que él tenía otros planes. Al concluir el ataque del Kyūbi, en Konoha, Minato selló a la mitad del Kyūbi en su hijo y la otra mitad en si mismo, aunque a costa de su propia vida, la de su mujer y otras víctimas durante el ataque.
Obito antes de la Masacre del Clan Uchiha.
Ocho años más tarde, se infiltró en Konoha para tratar de reavivar las llamas de la guerra. Fue encontrado por Itachi, que convenció a Tobi de preservar a la población a cambio de ayudar a acabar con el clan Uchiha como venganza por abandonarle décadas atras. Tobi cumplió su parte del trato y entre otras cosas, aportó la asistencia de Itachi en la masacre, sin embargo, Itachi nunca confió realmente en Tobi, mantenido un ojo en él por el resto de su vida. Además durante dicho ataque se reunio con Danzo Shimura.
Parte II[]
El rescate de Gaara[]
Tras la muerte de Sasori, Tobi, apareció con Zetsu y recoge el anillo de Sasori. Expresó su interés en unirse a Akatsuki, creyendo que encontrar el anillo le concedería la adhesión. Entonces encontró con el brazo de Deidara y el anillo que llevaba, creyendo que Deidara estaba muerto también. Cuando Deidara apareció y le exigió a Tobi darle el brazo, Tobi se negó, lo que llevó a Deidara a intentar cómicamente matarlo.
El arribo del Sanbi[]
Obito y Deidara.
Tobi fue aceptado en Akatsuki como el reemplazo de Sasori y Deidara como su compañero. Fue asignado a la captura del Sanbi, y Deidara le acompañó. el Sanbi persigue a Tobi, y Deidara hace explotar uno de sus animales de arcilla junto a él para debilitarlo. Tras la victoria del equipo, Tobi afirma que lo consiguieron gracias a su poderoso jutsu no mostrado, aunque su compañero discrepa de esto ya que el Sanbi no poseía a ningún jinchūriki que lo hiciera realmente peligroso para ellos.
La caza de Itachi[]
Obito preparando el Campo de Minas de Arcilla.
Tras la derrota de Orochimaru a manos de Sasuke, su hermano mayor Itachi se perfila como su siguiente objetivo y su equipo Hebi, así pues Akatsuki se pone en estado de alerta, Deidara y Tobi logran encontrar a Sasuke antes que nadie y entablan batalla con él. En un primer momento se esconde de él por el miedo que le provocó la mirada de Sasuke al comparar su parecido con el de Itachi y al comenzar un combate recibe una estocada del Chokuto de Sasuke gracias a su Sunshin jutsu, no obstante el extraño Akatsuki se levanta indemne. Deidara toma la iniciativa del combate con su C1 pero Sasuke logra volver su estrategia contra él y hacerlo retroceder.
Cuando Deidara se ve forzado a usar su C2, Tobi se encarga de colocar minas bajo el suelo. Después de eso se mantiene al margen de la pelea mientras Deidara y Sasuke combaten. Cuando Deidara resulta derrotado por Sasuke a pesar de haber usado su C4 y haberse suicidado, Tobi se encuentra en el radio de la explosión y el propio Pain lo da por muerto cuando informa al resto de la organización de la derrota de Deidara, Kisame se burla de él y le atribuye la única habilidad de alegrar una organización tan oscura como es Akatsuki .
Obito declara ser "Madara Uchiha".
Sin embargo, el propio Tobi se presenta más tarde mostrando su Sharingan ante Konan y Pain. y sostiene que los ojos de Sasuke sobrepasarán a los de Itachi al tiempo que encomienda la caza del Kyubi a Pain. Después se le ve sentado en el Valle del Fin cuando Jiraiya habla sobre Madara y como sospecha de su responsabilidad en el ataque de Kyubi a Konoha justo antes de iniciar su combate. El equipo de Konoha se encuentra con Tobi cuando tratan de seguir a Sasuke. Naruto intenta derrotar rápidamente con su Rasengan, no obstante sus jutsus y ataques no surten efecto en Tobi, que toma la delantera del breve combate y se burla de él. Las formaciones de ataque de Konoha no sirven contra Tobi, que parece poder hacer desaparecer su cuerpo a voluntad, Shino Aburame logra ubicarlo y alcanzarlo con su Hijutsu Mushidama y drenarle su chakra, cuando parece atrapado desaparece. Zetsu llega para informar de la muerte de Itachi y la victoria de Sasuke, Tobi admite haber previsto esto, y se dispone a marcharse, en ese momento su sharingan se cruza con el de Kakashi.
Obito quitándose parte de su máscara.
Tobi atiende las heridas de Sasuke y cuando despertó, se ofreció a contarle la verdad de Itachi. Tobi se quita la máscara y revela su Sharingan, algo que causó que el Mangekyō Sharingan de Itachi se formara en el ojo izquierdo de Sasuke y hace uso del Amaterasu, Tobi quien rápidamente se retiró en la oscuridad de la cueva. Después de detener las llamas, entonces apareció de nuevo con su máscara de nuevo y comenzó a meditar acerca de cómo Itachi nunca dejó de sorprenderlo. Después Sasuke le preguntó qué estaba hablando, Tobi reveló que Itachi probablemente sello el Amaterasu dentro de Sasuke.
Después Sasuke se quejó de que él estaba diciendo no tiene sentido, Tobi reveló que era para protegerlo, Sasuke todavía no le creía, Tobi aseguró que él estaba diciendo la verdad, y se introdujo sí mismo como el hombre que había ayudado a Itachi en esa fatídica noche. Le dijo a Sasuke sobre la historia del Clan Uchiha, la vida secreta de Itachi, para mantener a Sasuke y Konoha fuera de peligro. Sasuke, lamentando que había matado a Itachi ahora que sabía la verdad, estaba dispuesto a destruir Konoha por forzar a Itachi a la vida que había vivido.
La Invasión de Pain[]
Tobi convence a Sasuke y los demás miembros de Taka para empezar a trabajar con Akatsuki, los dos grupos con una meta en común: la destrucción de Konoha, sin embargo, afirmó que era necesario capturar a los otros dos Bijū. Dado que Pain seguía trabajando en la captura de Naruto, Tobi envió a Taka para capturar al Hachibi. Después, Tobi habló con Zetsu, discutiendo las acciones de Akatsuki hasta ese momento. Él continuó diciendo que, a pesar de haber perdido cinco ninja con talento en Akatsuki, todos sus esfuerzos habían acercado a "Sasuke hacia a él".
Después de que Taka captura al Hachibi, Sasuke se lo entrega a Tobi. Durante el proceso de extracción, se reveló que era una falsificación. Tobi muestra silencio, Kisame comentó que Sasuke había sido engañado.
La Cumbre de los Cinco Kages[]
Zetsu informa a Tobi del fracaso de Nagato para capturar a Naruto, su traición a Akatsuki, y su propio sacrificio para revivir a los aldeanos de Konoha que mató. Irritado por los reveses constantes, Tobi envió a Kisame para capturar a Killer Bee. Luego fue a enfrentarse con Sasuke, quien se encontraba en Camino para ir a Konoha. Tobi les dijo que están perdiendo su tiempo, Nagato ya había destruido el pueblo, pero convence a Sasuke para ir a la Cumbre y matar a Danzo, el nuevo candidato a Hokage y un conspirador en el asesinato de los Uchiha. Tobi instruye a Zetsu para llevar a Taka a la Tierra de Hierro, pero cuando llegan, Zetsu revela su presencia a los Kage.
Obito se encuentra con Naruto
Aunque Sasuke luchó contra los Kage, Tobi se reunió con Naruto, que también estaba en la Tierra de Hierro. Trató de imaginar cómo Naruto fue capaz de causar en Nagato un cambio de corazón, pero fue atrapado por Kakashi Hatake y Yamato. En lugar de pelear, les habló de el Sabio de los Seis Caminos, la verdad del clan Uchiha, y el descenso de Sasuke en la oscuridad. Dudan de la validez de lo que les dijo, pero él perseveró, antes de desaparecer, dice que Naruto y Sasuke están destinados a luchar un día.
Como Sasuke estaba a punto de ser asesinado por los Kage, Tobi lo rescató. Envía a Sasuke lejos mientras que Karin va con él para sanar sus heridas. Tobi expresó su decepción de que Sasuke no fue capaz de ganar a los Kages, teniendo la esperanza de tenerlos como rehenes para facilitar sus planes. Sin embargo feliz por el desarrollo del Mangekyō Sharingan de Sasuke al despertar el Susanoo. A continuación, expuso su Plan Ojo de Luna a cuatro de los cinco Kages en la tierra de hierro, Para ello, pidió a los cuatro Kages darle a Killer Bee y Naruto. Se negaron, por lo que declaró el inicio de la Cuarta Gran Guerra Shinobi antes de desaparecer.
Obito luchando contra Fu y Torune.
Tobi intercepta a Danzo mientras huía de la Cumbre, los guardaespaldas de Danzo, Fu y Torune, luchan con Tobi mientras que Danzo se prepara, Tobi fácilmente los derrota. Tobi teletransporta a Sasuke y Karin a su ubicación, Tobi observó la batalla y se alegró cuando Sasuke finalmente es capaz de desarrollar plenamente al Susanoo.
Cuando Danzo muestra sus numerosos Sharingan y sus capacidades de madera, Tobi supuso que esto significaba que quería ser capaz de controlar al Kyubi. Tobi también identificó la forma en que Danzo es capaz de sobrevivir a una batalla con Sasuke, pero Sasuke superó a Izanagi e Danzo fue herido de muerte. Satisfecho con el resultado, Tobi indicó que quería tomar los ojos de Shisui, que fue implantado en el ojo derecho de Danzo. Antes de que pueda tomarlo, Danzo toma como rehen a Karin, Sasuke no duda en cortar a través de ella para finalmente matarlo. Mientras moría, Danzo activa una técnica de sellado en un intento de llevar a Tobi y Sasuke con él, pero escapa a tiempo. Tobi le dijo a Sasuke ya no fuera tan irresponsable, y que a pesar de que Karin curase de sus heridas más graves, aún estaba muy maltratado y necesitaba tiempo para recuperarse. cogió el cadáver de Danzo y también asesoró a Sasuke para matar a Karin si en verdad no tiene necesidad de ella ya que sabía demasiado sobre ellos. Sasuke se limitó a afirmar que nunca ha considerado a sí mismo un aliado de Tobi. Tobi se sacudió el comentario y se teletransportó lejos con Danzo. En su laboratorio, donde hay una pared gigante con muchos envases de vidrio, cada uno con un ojo Sharingan, Tobi maldice a Danzo por destruir el Sharingan de Shisui antes de morir.
Obito con su nuevo Brazo.
Después de ganar un nuevo brazo, y observando que deben tener el Rinnegan, la mitad blanca de Zetsu apareció, diciendo que Sasuke estaba en problemas. Tobi se teletransporta, en frente del Equipo 7 y le dijo a Sasuke que lo acompañara y a Zetsu que verificara a Kisame y reunirse con su otra mitad y decide dejar la captura de Naruto a Sasuke. Kakashi Hatake, intenta eliminar a Tobi con el Kamui, pero Tobi le dijo a Kakashi que no intente porque no tenía efecto sobre él. Se va con Sasuke, que dice que necesita hablar con él. Cuando regresan a la base de Akatsuki, Sasuke declara que quiere los ojos de Itachi. Tobi dice que es de esperarse con el uso extenso del Susanoo. Sasuke afirma que quiere destruir a toda potencia Naruto, ya que es la única manera de rechazar todo lo que significa Naruto.
Después de que él puso los ojos de Itachi en Sasuke, le dijo que necesitará tiempo para recuperarse y le preguntó si él no tenia ningún tipo de dolor. Sasuke le dijo que no y dijo que sentía el poder de Itachi que desembocan en él y que era cada vez más fuerte.
El Confinamiento de los Jinchurikis[]
Obito se encuentra con Kabuto
En algún momento después del trasplante, Tobi y Kabuto Yakushi se encuentran, y recordando que Kabuto era un traidor a Akatsuki, Tobi se abalanzó sobre su presa. Sin embargo, fue detenido y sorprendido cuando Kabuto revivió a Nagato, Kakuzu, Itachi, Sasori y Deidara, con la Resurección Impura, Luego le preguntó a Kabuto sus razones para venir a buscarlo, contestó que él vino a unir fuerzas con él. Tobi le preguntó qué tiene que sacar provecho de la alianza, y Kabuto le dijo que podía aumentar el potencial de Tobi, resucitando a miembros fallecidos de Akatsuki.
Obito frente al sexto ataúd.
Tobi le preguntó a Kabuto qué quería a cambio; la respuesta de Kabuto era que buscaba a Sasuke, así con él podía seguir investigando sobre ninjutsus usándole. Luego se pregunta qué pasaría si él se negara, y Kabuto convoca un ataúd más con una persona desconocida dentro. Tobi se perturbó visiblemente. Kabuto le aseguró que nadie lo sabía. Tobi elogió a Kabuto por haber orquestado esta situación. Estuvo de acuerdo en unir fuerzas con Kabuto, a condición de que no entregaría a Sasuke hasta el final de la guerra.
Tobi se presenta en Amegakure totalmente confiado, y confronta a Konan para poder conseguir el Rinnegan. Después de que esta se niega a revelarle el lugar donde se encuentra el doujutsu, Tobi pregunta si valía la pena traicionarle por Naruto Uzumaki, a lo que Konan responde que éste es la luz personificada, la flor de la esperanza. Después de esto, como último tributo a Konan, le confiesa que el ayudó a Yahiko a crear Akatsuki y que fue él quien le otorgó el Rinnengan a Nagato. Konan queda consternada, pero esto lo que hace es decirle más, por lo que rodea a Tobi de papeles, y éste, al intentar absorberla, se da cuenta de que mezclados con los papeles van sellos explosivos.
Obito después del ataque de Konan.
Una explosión deja mudo el lugar, y Konan recuerda el principio de Akatsuki, para después volver a la batalla. Tobi ha perdido un brazo y parte de su rostro queda descubierto ya que su máscara ha sido destrozada. Ha sobrevivido al ataque debido a que absorbió parte de la explosión con su Sharingan, por lo que el combate empieza de nuevo, Konan aprovecha y abre en un mar de papel bajo sus pies para sellar a Tobi. Tobi al estar dentro del mar de papel empieza a ser atacado por los 6 billones de papeles explosivos, ahí al no tener el tiempo suficiente como para absorver todas las explosiones, utiliza el Kinjutsu Izanagi para lograr sobrevivir los 10 minutos de explosiones.
Obito revela su ojo izquierdo.
Entonces después de hacerle creer a Konan sobre su muerte aparece detrás de esta apuñalandola con un cuchillo, mientras la tiene apuñalada le explica como salió vivo y sobre el poderoso jutsu prohibido del Clan Uchiha revelando que es una técnica que solo puede usar alguien que tenga los poderes Uchihas y Senjus delatando que él tiene los mismos poderes que el Sabio de los Seis Caminos. Entonces deja de apuñalarla, Konan aprovecha y le intenta asesinar con un Chakram de Papel pero Tobi aún logra vencerla y la estrangula mientras le pregunta donde esta el Rinnegan (osea, el cuerpo sin vida de Nagato) pero Konan finalmente muere. Más tarde se ve a Tobi dentro de un templo en donde esta los cadáveres de Yahiko y Nagato.
Después de haber encontrado el cadáver de Nagato y su Rinnegan se procede a absorverlo y dejarlo en un mundo paralelo dentro de él. Más tarde se observa a Tobi junto con Kabuto luciendo una nueva máscara,con sus viejas ropas y junto con su Abanico de Guerra diciendo que buscaria su nuevo objetivo: Naruto Uzumaki y su Zorro de Nueve Colas. Pero Kabuto dijo que queria ser él quien fuera para mostrarle a este que podía ser de confianza. Entonces Tobi dejo que fuera a esa mision e hizo un trato con él en donde le daría un zetsu, después de eso lo lleva a un cuarto donde se encuentra Gedo Mazo en ese momento se revela que cerca de esta hay un cultivo de celulas de Hashirama pero lo que en realidad queria mostrarle a Kabuto era los cien mil Zetsu que el creo con el chakra de las 7 Bestias con Cola. Más tarde cuando Kabuto llega de su misión, Tobi se aparece diciendo que no era lo que pidió pero aún asi se emocionó cuando dijo que se podría crear más Zetsus con la ayuda de Yamato, en ese momento se revela que Tobi tiene en su ojo izquierdo el Rinnegan mientras decía que su nuevo ojo tiene ganas de pelear.
La Cuarta Gran Guerra Ninja[]
Obito y Kabuto listos para la Guerra.
Después de que Kabuto envía al ejército de ninjas revividos por el Edo Tensei al campo de batalla, Tobi se encuentra preocupado ya que no sabía si el ninja podría controlar todos esos cuerpos pero al parecer lo convenció de confiar en él. Más tarde cuando Kabuto descubrió que Anko estaba cerca la ataco, ahí Tobi se dirige hacia Kabuto quien tenía a la infiltrada arrodeado por el cuello por una serpiente esto causo que levantara sospechas sobre él, ya que pensó que atrajo a la ninja con la intención de que Akatsuki y la Alianza Shinobi se destruyeran mutuamente. Por eso le dice que mate a Anko quien no estaba muerta completamente ya que ha visto la guarida pero este le dice que no lo hará porque con ella podrá fortalecer su poder, Tobi después de una pequeña charla y amenazar a su compañero hace que Kabuto decida enseñarle todo lo relacionado con el Jutsu de Resucitación Impura. Pero debido a que su aliado necesitaba un sacrificio y como Anko estaba fuera de su alcance, Tobi saca de su ojo a Torune y Fu quienes tenia aprisionado dentro de su mundo paralelo y controlados por un Genjutsu hecho por su Sharingan, en ese momento toma a Torune le rompe el cuello y le dice a Kabuto que tome al a que ha matado para revivirlo usando a Fu. Entonces después de explicarle todo lo que quería, Tobi queda impresionado y le pregunta una última cosa que si tiene algún riesgo haciendo que Kabuto respondiera que lo bueno de este jutsu es que no hay ninguno.
Obito invoca a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior en el campo de batalla.
Más tarde Tobi se encontraba en la habitación donde estaba la Estatua Demoníaca del Camino Exterior cuando Zetsu Blanco llego para informarle que Naruto y Bee salieron al campo de batalla, allí Tobi le dice al Zetsu Blanco que le diga a su contraparte que siga con la estrategia de guerra. Luego se ve a Tobi en el campo de batalla invocando a la Estatua Demoníaca del Camino Exterior. Allí utiliza a la Estatua como distracción para tomar posesión de los tesoros del Sabio de los Seis Caminos en donde estaban sellado los Hermanos de Oro y Plata, por eso mata a aquellos que la estaban cuidando. Cuando estaba a punto de tomarlas aparecio Darui diciendo que se alejara pero Tobi respondio que solamente quería su contenido, allí aparece Shikamaru utilizando su Jutsu de Posesión de Sombra para paralizarlo. Entonces Tobi reconoce que es un chico peligroso y manda a su estatua a aplastarlo pero Choji lo salva, al final Tobi y su invocación logran escapar con Benihisago y Kohaku no Jōhei. Luego se le ve diciendo que su Plan Ojo de Luna se realizara mañana.
Obito junto con los nuevos Seis Caminos del Dolor
Más tarde se ve a Tobi con los jinchurikis resucitados después de haberles implantado a cada uno un Sharingan y un Rinnegan diciendo que ha creado a los nuevos Seis Caminos del Dolor utilizando a los Jinchuriki. Durante su camino de vuelta al campo de batalla se revela que su plan incial era utilizar a los Zetsu Blanco como inifiltrados para obligar a la Alianza a usar a Naruto para detectarlo, allí dice que la Voluntad del Fuego se extinguiria hoy.
Tras la la victoria de la Cuarta División Kabuto se ve forzado a invocar su Carta de Triunfo, que no era otro que el verdadero Madara Uchiha, por lo que todos entran en la duda de quien es en verdad Tobi, a medida que el el verdadero Madara causa estragos. Tobi se encuentra con Naruto y Bee y Naruto le da un cabezazo pero no tiene ningun resultado. Tobi señala su decepción al ver que Naruto no pudo hacerle ni siquiera un rasguño en su mascara, en ese momento manda a sus Jinchūriki para que ataquen a Naruto y Bee. Luego Naruto menciona que Tobi tiene el Rinnegan como Nagato y el otro Madara Uchiha, Tobi se extraña y entonces maldice a Kabuto, allí Bee pregunta que quien es él entonces y Tobi responde "No soy nadie. No quiero ser nadie". Aclarando que solo se preocupa por completar el Plan Ojo de Luna. Naruto mostró como estaba disgutado por las acciones de Tobi y se compromete a quitarle la mascara. Entonces Tobi obliga a sus Seis Caminos a que saquen una de las colas de sus ex-Bestias con Cola.
Obito envía a sus Jinchūrikis al ataque
Tras ello Tobi envió a tres de sus caminos a atacar a Naruto y B quienes deben escapar y más tarde, después del intento frustrado de Naruto de destruir el Receptor de Chakra en el pecho de Roshi, por parte de Han, Tobi salta a la copa de los árboles para observar desde las alturas a B transformado totalmente en el Ocho Colas. Después hace que sus caminos entren en la versión 2 y que Han libere al Gobi e intenta capturar a Naruto pero llegan Kakashi y Gai, ellos atacan a Tobi obligandolo a usar su jutsu espacio-tiempo
Mientras Tobi estaba en la mano gigante de Killer Bee, quien estaba transformado en el Ocho Colas, el Cinco Colas intento atacar al líder de Akatsuki pero este uso unas Cadenas de Chakra para detenerlo. Allí Bee quiso atrapar a Tobi apretando su mano pero salio facilmente con su jutsu espacio-tiempo, en ese momento Tobi logra que Han volviera a su versión surpimida de Bestia con Cola. Luego manda a sus Caminos a atacar y al notar que Kakashi descubrio que él no habia puesto ninguno de los jutsus de pain en sus caminos, Tobi declara que Kakashi es muy listo y después obliga a Roshi y a Utakata a convertirse en sus Bestias con Cola. Luego cuando Naruto es tragado por el Yonbi decide colocarle una Cadena de Chakra alrededor del cuello, pero entonces Naruto crea una enorme cantidad de clones para hacer vomitar a la bestia y poder salir, luego Naruto encuentra el Receptor de Chakra que está en el cuello del Yonbi y activa el modo Kyubi y decide sacarlo, sin embargo Tobi reactiva la Cadena de Chakra para que envuelva a Naruto y lo deje inmovilizado.
Obito invoca a la Estatua con el fin de sellar a Son Gokū
Sin embargo Naruto logra sacar el Receptor de Chakra gracias a uno de sus clones, lo cual obliga a Tobi a invocar la Estatua Demoníaca del Camino Exterior para que absorba a Son Gokū. Luego decide que quiere acabar con la batalla rápido y hace que los Jinchūrikis restantes se transformen en el Nibi, Sanbi, Gobi y Nanabi, junto con el previamente transformado Rokubi. Luego las bestias hacen cada una, una Bomba Bestia con Cola, que arrojan a quemarropa, pero Naruto las desvía todas, entonces Tobi le ordena a las bestias que ataquen todas a corta distancia, ahora Naruto llega a un nivel nuevo de transformación y ganandole a las bestias, obligando a Tobi a hacer que se alejen las bestias y hagan conjuntamente una Bomba Bestia con Cola enorme, haciendo Naruto una bomba también del mismo tamaño, siendo ambas arrojadas al mismo tiempo.
La Batalla de Naruto y Obito
A pesar de este ataque y de la desviación el resto de las Bestias quedaron libre de su control, aun asi Tobi comenta que la situación no había cambiado, ya que Naruto no pudo mantener su nueva forma por más tiempo y el chakra de las Bestias con Cola ha sido ya cerrado. Tobi se deja confundir cuando Naruto refuta esto, ya que afirma haber aprendido varios nombres difíciles que Tobi era aparentemente inconsciente de esto. Al tomar su Abanico de Guerra, comienza a llover y gota tras gota caen en el brazo de Tobi, que en un principio cree que es el sudor. Sin embargo, el despido como solo la lluvia, Tobi es todavía incapaz de comprender la extraña sensación que rodea a Naruto, a pesar de pensar en él como nada más que un mero divertimento para estimular a Sasuke. Estimando que esto es poco importante, Tobi declaró que todas las existencias pasadas y futuras pronto se convertiría en irrelevantes. Más tarde, cuando los cuerpos incapacitados de los jinchūriki empezan a desaparecer producto de la Cancelación de la Reencarnación Impura, Tobi se ve en en estado de shock, y menciona que Kabuto fallo.
Obito abre los nueve ojos de Gedo Mazo
Después de continuar con su batalla con Naruto, en un ataque combinado la Estatua del Camino Exterior es derribada, entonces Naruto incita a Tobi, diciendole que se saque la mascara para demostrar que estaba cansado, por lo que Tobi, en respuesta, invoca la Kohaku no Jōhei y la Benihisago, y hace que la estatua los devore. Tobi admitió que él ya no tenía otra opción. Él también declaro que hubiera preferido revivir "eso" en su forma perfecta, pero que esas partes aun mantenian su poder, Tobi dijo que el tiempo prometido había llegado, entonces La Estatua abrio sus Nueve Ojos y comenzo a rugir.
Allí la estatua empezó a comportarse de manera extraña mientras Tobi exclamaba que el Diez Colas ha sido revivido y que es el comienzo y el fin del mundo, debido a esto todo los que estaban presente se quedaron confundidos ya que Tobi no tenía al Ocho y al Nueve Colas para hacerlo pero luego de una aclaración de Kurama descubrieron que no es necesario el chakra completo y que puede usarse ciertas piezas. Cuando Kakashi comenta que quiere hacer algo antes de que el Diez Colas sea revivido, Tobi se burla de él y seguido de eso Gai pregunta quién es él pero el líder de Akatsuki dice que no tiene sentido decírselo si no recuerda caras. Cuando Kurama dice que al no tener todo el chakra no se sabe cómo va a ser o como será el poder del Diez Colas, Tobi explico que solamente necesita que el Diez Colas reviva para completar su Plan Ojo de Luna. Luego de que Naruto pusiera de manifiesto su sueño y que Tobi se burla de ello, Naruto intento atacar a Gedo Mazo con un Rasengan pero Tobi logra evitarlo y le dice que no se va apartar de su estatua.
La Mascara de Obito se agrieta
Naruto hace otra ataque pero esta vez con su Clon de Sombra, pero solamente lo atraviesan. Allí Gai ataca a Tobi con su Sōshūga, pero Tobi deja pasar el nunchaku en la cabeza. Entonces usa su Gunbai para hacer frente nunchaku de Gai, Gai a continuación, lo envía hacia el choque de Naruto y su Super Mini Bomba Bestia con Cola. Tobi ve entonces que Kakashi esta tratando de usar el Kamui en la Estatua Demoníaca del Camino Exterior, pero el jutsu no funciona, Tobi le dice a Kakashi que es ingenuo por tratar. Como el ataque de Naruto está a punto de hacer contacto, Tobi se teletransporta. A continuación, emerge de la tierra en un ataque por sorpresa, sin embargo su intención fue detenida, ya que Naruto lo esquiva. Tobi que continuación, utiliza su Gunbai atacando e inmovilizando a Naruto y luego pasar a través de una roca a los ataques. Kakashi entonces salta y lanza contra al hombre enmascarado un kunai infundido con Elemento Rayo. Pero Tobi se vuelve intangible y deja pasar el kunai a través de él y lo patea hacia Naruto. Con el lanzamiento del kunai a Naruto, Kakashi lo elimina con el Kamui. Naruto entonces trata de usar su brazo de chakra para asestar un golpe hacia Tobi, pero una vez más se vuelve intangible. Tobi luego aterriza en una roca diferente y justo en ese momento una pequeña grieta aparece en su máscara.
Obito herido por el Rasengan teletransportado.
Al darse cuenta de la grieta en su máscara, Tobi demostro un descontento con esto, y luego creó una barrera alrededor de la estatua con el fin de desviar el ataque de B, diciendole a los shinobis que no lo subestime. Entonces Kakashi crea una extrategia donde B los lanza y Gai va al ataque con sus Sōshūga, Tobi permitió a su rival atacarlo, leyendo sus movimientos dejo que los Nunchaku pasaran través de él, para tomarlos y eliminarlos antes de que Naruto lo ataque. Siguido esto, Tobi atravieza el Rasengan de Naruto, que al parecer se disipó antes de llegar a la manga derecha de Tobi entonces una vez que Naruto lo atravezo completamente el brazo derecho de Tobi sufre una especie de quemadura. Una vez de pie, el hombre enmascarado se dio cuenta de que Kakashi había enviado el Rasengan a la otra dimensión mediante su Kamui. Después de ser herido Kakashi afirma que sus técnicas oculares estan conectadas y le pregunta donde consiguio ese Sharingan que tiene en el ojo derecho, Tobi le responde que en la batalla del Puente Kannabi, reprochandole de que solo habla y no hace nada, lo que diga algo como Kakashi no tiene ningun valor, que era demasiado tarde para lamentarse ya que la realidad se mueve adelante de manera cruel. Le dice que ha visto la realidad y que deberia ser capaz de entenderlo, ningun sueño se hace realidad en este mundo reforzando su sueño del Tsukuyomi Infinito, entonces Naruto le vuelve a decir que él hara realidad sus sueños, no importa lo que diga Tobi, entonces este dice que solo son cosas vacias. Cuando Kurama toma el control de Naruto y se abalanza hacia él.
Naruto destruye la mascara de Obito
Naruto ataca a Tobi con una mano gigante de chakra aplastando a Tobi pero este se vuelve intangible y pasa atacarlo, lanzando Shurikens Gigantes desde su ojo derecho, diciendo que es tonto atacarlo solo. El Ocho Colas detiene la mayoria de ellas con sus tentaculos, expeto una que Naruto frena al crear la cabeza de Kurama. Kakashi y Gai acuden a la ayuda de Naruto, entonces Tobi fija su mira en Kakashi y le regaña diciéndole que él no temía un poder prestado como el Mangekyo Sharingan de Kakashi que sólo podía utilizar una cierta cantidad de veces, entoces, activa su propio Mangekyo Sharingan. Luego de esto Tobi vuelve al ataque lanzando unas estacas desde su ojo conectadas a unas Cadenas de Chakra que se incrustan en Gyuki. Entonces Naruto crea un clon de sombras creando un Rasengan, mientras el original prepara una Bomba Bestia con Cola, entonces el clon se lanza para atacar a Tobi, cuando Kakashi usa el Kamui para enviar a otra dimensión el Rasengan, Tobi se percata de su intención diciendo que es demasiado lento y le lanza una estaca, con ello aparentemente se deshace el clon, enotonces Naruto lanza la Bomba Bestia con Cola, Tobi se refugia en su intangibilidad, enviando todo su cuerpo a su dimensión, pero entonces el clon de Naruto sale con un Rasengan, ya que Kakashi no busco teletrasportar el Rasengan sino a todo el clon, entonces Tobi se da cuenta que Kakashi si fue mas rapido que él, finalmente el clon golpea a Tobi en la cara, destruyendo la máscara en pedazos.
Madara se une a Obito
Con la destrucción de la máscara se revela la identidad del ninja enmascarado siendo realmente Obito Uchiha, quedando sorprendido todos los ninjas presentes principalmente Kakashi. Cuando Gai, que también lo reconoció, pregunta si de verdad era Obito este responde que pueden llamarlo así si quieren ya que no significaba nada para él. Kakashi impactado al preguntar como sobrevivió este dice que el hecho de haber sobrevivido no era importante pero dice que la razón de sus planes es porque Kakashi "dejo morir a Rin". A pesar de que Kakashi al parecer no fue culpable de la muerte de Rin, Obito dice que no tiene sentido culpar a la realidad ya que el mundo estaba por acabar por lo que en ese momento vuelve a atacar con el Elemento Fuego: Danza Salvaje,pero que fue parado por Naruto con sus colas de chakra del Nueve Colas. En ese momento llega Madara Uchihaquien se va a unir a la batalla. Cuando el Ex Líder de los Uchiha llega un silencio toma lugar y Obito afirma que Madara desafio a la Resurección Impura y que no esperaba menos de él. Cuando Naruto lanza las Estacas Gigantes contra el duo, Obito le devuelve el Abanico de Guerra a Madara. quien los protegé con este infundido de chakra. Entonces Madara le increpa que comenzo el Proyecto por la mitad, y luego le preunta que sucedio con Nagato, y este le responde que los traiciono, Naruto ataca a Madara quien le devuelve su ataque y le dice que el se encargara del Nueve y Ocho Colas y que Obito se encargue de Kakashi y Gai. Entonces su anterior compañero le pregunto que paso con él y porque se alóo a Madara y entonces Obito comeinza a recordar lo sucedido después de su "muerte". Luego del brutal choque de Madara y Naruto, Kakashi y Obito se separan con aun un muy confundido y abatido Kakashi a lo que Obito le dice que no le importa porque esta con Madara, y que era hora de tener su batalla definitiva. Obito comienza su batalla con Kakashi atacándolo con los Shuriken que saca de la Otra Dimensión, Kakashi se protege de estos creando una pared de tierra Obito aprovecha esta barrera para sorprender a Kakashi atravesándola con un Shuriken, el cual le clava en la pierna
Obito hiriendo a Kakashi
izquierda a Kakashi acto seguido le dice a Kakashi que no es más que una basura que solo sabe hablar y lo transporta con el kamui a su dimensión. Kakashi logra regresar debido a su Kamui, Obito le dice que como pensaba ha logrado regresar a lo que Kakashi le contesta que si el haber cambiado tiene que ver con Rin, Obito se abalanza sobre Kakashi y le da un rodillazo en la cara después le clava un shuriken cerca de su hombro finalmente coge dos shuriken y los usa para cortar el pecho de Kakashi en forma de cruz, Kakashi sigue insistiendo en hablar con el por lo que le dice que el es uno de los héroes de Konoha y no debería convertirse en escoria como él, Obito le contesta que después de todo los que sobreviven en el mundo ninja se acaban convirtiendo en basura, cuando Obito está a punto de utilizar un shuriken para acabar con Kakashi Naruto aparece ante él parándolo, Kakashi se da cuenta de que es hora de aplicarse lo que enseñó a Naruto y protegerlo por eso usa el Relámpago Cortador para romper el shuriken de Obito. Entonces Obito agarra a Naruto con una extensión de Madera e intenta transportar a Kakashi a la Otra Dimensión, Naruto le impide esto asestando un cabezazo contra Obito, Obito lo intenta de nuevo pero no se da cuenta de que Kakashi ha recibido chakra de Kurama y lo transporta Naruto lo ataca a continuación por lo que tiene que usar el Kamui para materializar parte de su cuerpo en la Otra Dimensión, Kakashi aprovecha esto para golpearle desde allí y transportarse de nuevo al campo de batalla. Naruto utiliza una Bomba Bestia con Cola junto con Beey dice que ya es el fin pero cuando el polvo de la explosión se despeja se muestra que el Jubi a resucitado Obito finalmente menciona que si es el fin pero del mundo.
Obito recibe un cabezazo de Naruto.
Obito se sube al Jubi junto a Madara y se conectan con él, a continuación utilizan al Jubi para atacar a Kurama y Gyuki los cuales utilizan una Continua Bomba Bestia con Cola para herir al Jubi pero no solo no surte efecto si no que el Jubi utiliza una Bomba Bestia con Cola a forma de Rayo que destroza varias de las colas de Kurama y Gyuki, Kakashi y Naruto aprovecharon para transportar a Bee a la otra dimensión y caer sobre el Jubi pudiendo transportarlo justo en frente del ojo del Jubi para poder golpearle con una Bomba, mientras continúan luchando Obito se compara con Naruto pero piensa que con el tiempo se hará como él entonces llega la alianza deteniendo un ataque del Jubi y preparándose para la batalla. Obito le dice a Naruto que no queda esperanza entonces la Alianza Shinobi coordina para inmovilizar al Jubi y poder atacar a Obito y Madara directamente.
Obito preparando al Jubi para el ataque.
El Jubi alcanza su estado de madurez y lanza varias Bombas de Bestia con Cola alcanzando el cuartel general de la alianza y una ciudad lejana. Obito comienza a hablar con Madara del Jubi y de que le necesita para ser resucitado después de que terminasen de hablar Obito utiliza el Elemento Madera a través del Jubi con la intención de desesperanzar a la Alianza y reducir su número de Shinobis esto provoca que Neji sea atravesado en un intento de proteger a Hinata y Naruto. Obito le dice a Naruto que como es que le ha dejado matar a uno de sus amigos, Hinata anima a Naruto y le dice las razones por las cuales debe continuar Obito prepara una Bomba a corta distancia por lo que utiliza las colas del Jubi para protegerlo, Bee es ayudado por Sai para saltar contra el Jubi y hacer que se trague su propia Bomba de Bestia con Cola causándole daños internos.
Con Naruto de nuevo en el modo bestia con cola de nuevo, Obito se sorprende cuando el Jinchūriki comenzó a distribuir el chakra de Kurama a los miembros de la Alianza. Atacando con la bestia, una vez más, su ataque es desviado y más tarde se encontró a sí mismo siendo controlado una vez más por Ino. Después de que el Diez Colas es inmovilizado, Obito les dijo la alianza que lo que lo ha hecho vivir hasta ahora también puede funcionar como una poderosa maldición.
Obito y Madara son atacados por Naruto y Lee.
Incapaz de moverse, Madara le da a Obito parte de su poder para manipular a la bestia, pero su ataque es desviado, no obstante. Al oír a Hiashi Hyūga declarar que el sacrificio de Neji no sería en vano, Obito se burla de él y su clan por tener un sistema en el que los miembros estaban encerrados en jaulas esencialmente en espera de la muerte. Obito y Madara luego se sorprenden por el contraataque de la alianza y por el ataque del Rasen Shuriken de Naruto, el cual obligo a Obito a volverse intangible por lo que el Rasen Shuriken lo atravesó pero corta la conexión con el Jubi. Al igual que sucedió con Madara, quien fue atacado por una patada de Rock Lee, el cual destrozo su cuerpo. Con esto, los dos Uchiha se ven obligados a retirarse a la tierra.